Окно браузера - это центральный пульт управления Интернетом и основной информационный канал пользователя. Окно баузера практически автономно - оно позволяет отображать любой вид данных (текст, графику, видео, звук и пр.) без помощи вспомогательных окон. Окно браузера так же снабжено системой навигации - например, кнопками "вперед" и "назад".
 

Средний пользователь кнопкой "вперед" пользуется во много раз реже, чем кнопкой "назад". Более того, ежедневная необходимость в кнопке "назад" говорит о том, что "домоцентризм" WWW (то есть принятие пользователями модели "дома" как отправной точки навигации) ничуть не устарел. Начиная навигацию с определенной страницы, пользователь будет постоянно к ней возвращаться, хотя "отправная" страница может меняться в течение дня (или одной сессии)  Кнопка "назад" является вторым наиболее часто используемым элементом интерфейса браузера после курсора. Поэтому, кстати, прятать ее можно только тогда, когда окно без навигационных элементов не предназначено для перемещения на другие страницы - скажем, при использовании такого окна для опроса из двух строк текста.

Насильно открывать новое окно в браузере - все равно что ставить на стол пользователю второй монитор без спросу. Разумеется, работать с двумя мониторами бывает иногда удобно. Разумеется, иногда удобно открыть и новое окно в браузере, чтобы в нем смотреть ссылки из "основного" окна. Но и то и другое должно быть исключительно добровольным выбором пользователя.

В каких случаях можно использовать новые окна? (все примеры с оговорками)
 

Для рекламных объявлений, опросов, "пультов управления" (типа стилизаций под телевизионный пульт) и пр. Но тут вы рискуете испытать рефлекс пользователя, который закрывает любое новое непрошенное окно, не дожидаясь загрузки содержимого.

 

Для создания альтернативного способа навигации (скажем, когда ваш сайт делается в определенном фиксированном размере - например, 300x400 и вам свободное пространство мешает). Но эта модель уже морально устарела, так как пользователю всегда проще использовать стандартную навигацию, чем придуманную вами.

 

Для создания логического разделения на "проверенную" и "непроверенную" информацию. Скажем, серьезный аналитический сайт, дающий ссылку на какую-то страницу, содержимое которой он не контролирует, может открыть ссылку в новом окне. Но он обязан написать рядом, что-то типа: "а вот это ссылки, которые вы можете изучить, но я за них не отвечаю и буду открывать их в новом окне".